Согласно храмовым хроникам, Коондзи был основан в 726 г. монахом Гёки (668-749) и первоначально носил название Каннондзи. Нынешнее название храм получил в 1914 г. В настоящее время храм относится к секте Дзёдо и посвящен будде Амида.

Т.к. храм имел тесные связи с Нэгородзи, он был тоже был разрушен в 1585 г. в результате атаки войск Тоётоми Хидэёси.